Egyes elképzelések szerint a szigeten történt robbanást messze földön megérezték, és akár okozója lehetett a 110 km-re délre lévő Minoszi civilizáció (Kréta) összeomlásának. Egy másik elmélet szerint a szigethez köthető az Atlantisz legenda. A Szantorini (= Szent Irén nevet) a velenceiek adták a szigetnek a 13. században. 1579-ben oszmán uralom alá kerül. A görög szabadságharcot követően, 1830-ban kerül az újonnan alakult Görögországhoz.
