Szantorini területe 73 km². A sziget egy 3500 évvel ezelőtti – i. e. 1628, esetleg egy évvel később – hatalmas vulkanikus robbanás nyomait őrzi magán, amely berobbantotta a sziget közepét, egy a szigeten kaldera (~üst) néven emlegetett belső tengert hozva létre. A tengeri bejárattal szemben egy sokkal kisebb sziget, Thirasia helyezkedik el. Thira kikötői az Athinios és az Old Port befelé néznek, mint ahogy a főváros, Fira is a belső sziklafal tetején kapaszkodik. A kaldera 400 m mély, ezért mindenféle hajó számára alkalmas kikötőhely.
